Son órganos del gobierno de la ANOMS:

La Asamblea Nacional de Delegados (A.N.D.)

La Asamblea Nacional de Delegados es el órgano supremo de la Asociación y esta integrada por los Delegados de las Bases Departamentales, el número de delegados será de uno por base departamental y en Lima será de uno por cada jurisdicción.

Comité Ejecutivo Nacional (C.E.N.)

El Comité Ejecutivo Nacional es el Organismo representativo y ejecutivo de la ANOMS y sus miembros serán elegidos para un periodo de dos años.